Căn cứ Nghị quyết số 1674/NQ-UBTVQH15 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã của tỉnh Ninh Bình năm 2025. 
Xã Yên Từ được thành lập trên trên cơ sở sắp xếp xã Yên Phong và Yên Nhân, Yên Từ thành Xã mới có tên gọi là Xã Yên Từ.

Năm 2025, là năm có ý nghĩa quan trọng, là năm cuối cùng thực hiện Nghị quyết Đại hội Đảng bộ các cấp nhiệm kỳ 2020-2025 và Kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội 5 năm giai đoạn 2021-2026; đồng thời là năm diễn ra nhiều sự kiện trọng đại của đất nước. Đặc biệt, ngày 16/6/2025, Luật Tổ chức chính quyền địa phương chính thức có hiệu lực, tạo cơ sở pháp lý cho việc kiện toàn tổ chức bộ máy chính quyền các cấp. Cùng với đó, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã ban hành Nghị quyết số 1674/NQ-UBTVQH15 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã của tỉnh Ninh Bình năm 2025, trong đó sáp nhập toàn bộ diện tích tự nhiên và quy mô dân số của Yên Từ, xã Yên Nhân, xã Yên Phong để thành lập đơn vị hành chính mới mang tên xã Yên Từ, với tổng diện tích tự nhiên 24,6055 km2, dân số 31.917 người (gồm 48 thôn, xóm). Xã Yên Từ có vị trí địa lý phía Nam của tỉnh Ninh Bình: Phía bắc giáp xã Yên Mô; phía nam giáp xã Lai Thành, Phát Diệm; phía tây giáp xã Yên Mạc, Yên Mô; phía đông giáp xã Yên Khánh, Khánh Nhạc; xã nằm trên Quốc lộ 12B, 21B, Đường cao tốc Ninh Bình - Hải Phòng, và cũng là nơi có tuyến sông Vạc chảy qua.